اذعان مقام‌های عالی‌رتبه به «شکاف امنیتی» و ضعف دستگاه‌های اطلاعاتی در ایران
درحالی که به گفته جانشین فرمانده حفاظت سپاه از سال ۹۲، مقام‌های ارشد سپاه پاسداران اعلام کردند که با توجه به ترور چند دانشمند هسته‌ای در ایران، حفاظت از این چهره‌ها به سپاه پاسداران واگذار شده است.
حسین دهقان، مشاور نظامی رهبر جمهوری اسلامی، روز شنبه گفت که علت ترور محسن فخری‌زاده «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی بوده و مقامات مسئول «باید جواب دهند».
او در گفت‌وگو با تلویزیون حکومتی ایران با انتقاد تلویحی از ساختار امنیتی ایران در سال‌های گذشته گفت با وجود تسلط و «اشراف اطلاعاتی» که حکومت ایران دارد در برخی موارد «رخنه» رخ می‌دهد و مواردی چون «عملیات تروریستی» در مجلس رخ می‌دهد.
مشاور نظامی رهبر جمهوری اسلامی همچنین با رد انتقادها درباره کافی نبودن حفاظت از آقای فخری‌زاده گفت که این فرد «کاملا حفاظت می‌شد و تیم حفاظت ایشان در سطوح بالای حفاظتی بود» و «خودروهای متناسب در اختیار» آقای فخری‌زاده قرار داشته است.
در واکنشی دیگر، محسن رضایی، ٰدبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، در نامه‌ای به حسن روحانی خواستار آن شد که «سازمان‌های اطلاعاتی کشور» را موظف کند تا «منابع اصلی و نفوذی‌های سازمان‌های جاسوسی را شناسایی» کنند.
انتقادها از وضعیت و عملکرد نهادهای اطلاعاتی ایران در حالی افزایش یافته است که از حداقل ۱۶ نهاد اطلاعاتی ایران که در مجموعه «شورای هماهنگی اطلاعات» فعالیت دارند، اکثر نهادهای امنیتی و اطلاعاتی مهم جز وزارت اطلاعات تحت نظر رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای زیر نظر او اداره می‌شوند.
گفتنی است، ترور محسن فخری‌زاده اولین مورد از ترور دانشمندان هسته‌ای در داخل خاک ایران نیست و در فاصله سال‌های ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۰ چهار تن از دانشمندان هسته‌ای ایران بنام‌های مجید شهریاری، مصطفی احمدی روشن، مسعود علیمحمدی و داریوش رضایی‌نژاد نیز ترور شدند که ایران اسرائیل را مسئول آنها معرفی کرد.
حتی در این دوران، فریدون عباسی دوانی، رئیس پیشین سازمان انرژی اتمی هم مورد سوءقصد قرار گرفت که از حادثه جان سالم به در برد.
تحلیلگران می‌گویند ترور روز جمعه محسن فخری‌زاده، دانشمند ارشد هسته‌ای ایران و دومین چهره ارشد نظامی آن کشور که در سال جاری میلادی کشته شد، ضعف تهران در محافظت از مقام‌های کلیدی و مهارت دشمنان آن در حذف آنها را نمایان کرده است.