علیرغم تایید کمیته تحقیق افغانستان، وزارت خارجه ایران شکنجه و قتل مهاجران افغان به‌دست نیروی انتظامی را تکذیب کرد
با افزایش اعتراضات و خبرساز شدن فاجعه شکنجه و قتل مهاجران افغان توسط مرزبانان ایرانی بار دیگر؛ سید عباس موسوی، سخنگوی وزارت خارجه ایران این خبر ار تکذیب کرد و مدعی شد: «در تاریخ مورد نظر و در محدوده ادعایی، نه تنها چنان واقعه‌ای رخ نداده؛ بلکه مواجهه‌ای از هیچ نوع میان نیروهای جمهوری اسلامی ایران با اتباع افغان اتفاق نیفتاده است.»
این، در حالی‌ست که کمیته تحقیق افغانستان که به دستور اشرف‌غنی، رییس‌جمهوری این کشور تشکیل شده، جان باختن ۴۵ مهاجر افغان از ۵۷ تن از این مهاجران به دست نیروی انتظامی ایران را تأیید کرده است. در میان کشته‌شدگان تعدادی کودک زیر هجده سال نیز بوده‌اند که بر پیکر آنان، آثار شکنجه مشهود است.
پیشترعبدالستار حسینی، نماینده مجلس افغانستان و عضو کمیسیون امنیت داخلی که از اعضای کمیته تحقیق است، به شبکه کلمه گفته بود: شماری از جان‌باختگان این فاجعه از ولایت فراه و در همسایگی او هستند.
نجیب‌الله کابُلی، مشاور ارشد امور اجتماعی و مردمی رییس جمهوری افغانستان در مصاحبه با کلمه اظهار داشت که افکار عمومی، خواستار پیگیری بی‌وقفه این جنایت است.
فردین فدایی، رییس جامعه مدنی جوانان افغانستان با اشاره به نشست اعتراضی و رسانه‌ای در مقابل سفارت تهران در کابل، تأکید کرد که: از پیگیری جنایت رژیم ایران در حق افغان‌ها کوتاه نمی‌آییم.